Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi (STIE) Muhammadiyah Cilacap merupakan perguruan tinggi pertama di Cilacap yang membuka bidang ilmu ekonomi dan terakreditasi Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT). Sejak berdirinya pada tanggal 23 Juli 1993, STIE Muhammadiyah Cilacap yang merupakan alih bentuk dari Akademi Akuntansi Muhammadiyah (AAM) Cilacap dan telah meluluskan 15 angkatan.

Dengan berubah bentuknya AAM Cilacap menjadi STIE Muhammadiyah Cilacap pada tanggal 30 Desember 2005, disamping memberikan peluang yang lebih luas untuk menyediakan jasa pendidikan tinggi khususnya di bidang ilmu akuntansi dan manajemen bagi masyarakat Kabupaten Cilacap dan sekitarnya.

Hal tersebut juga merupakan tantangan dan beban tanggung jawab yang tidak ringan bagi pihak penyelenggara karena dituntut untuk mampu memenuhi harapan masyarakat akan layanan jasa pendidikan yang semakin bermutu tetapi tetap terjangkau. Sehingga diharapkan lulusan yang dihasilkan sesuai dengan misi STIE Muhammadiyah Cilacap yaitu tenaga profesional dan sarjana unggul yang berakhlaq mulia.